Na začátku ročníku nikdo ani netušil, že Jindřichův Hradec zmizí z prvoligové mapy. První body přišly až ve 4. kole, kdy Vajgar doma rozstřílel Liberec 9:1. Vajgar dokázal vyhrát na ledě brněnské Komety 6:1, ale i prohrát 2:10 v Třebíči. Po 40 odehraných zápasech základní části byl Vajgar na předposledním 13. místě, když ve dvoubodovém systému získal 29 bodů za 14 vítězství a jedinou remízu. Nejproduktivnějším hráčem se stal Jaroslav Kocar, který ve 40 utkání nasbíral 32 kanadských bodů (17+15).
Šest posledních týmů tabulky se utkalo vzájemně každý s každým, jednou doma, jednou venku, přičemž získané body se přičítaly k bodům vybojovaným v základní části. Poslední dva týmy se musely o prvoligovou účast porvat ve zrádné baráži. Na úvod boje o záchranu Vajgar dvakrát prohrál, v Prostějově (1:4) a doma s Libercem (1:7). Třetí kolo přineslo dva body za výhru v Brně 8:3 a i další utkání v Šumperku Vajgar zvládl (2:1). Doma Vajgar přehrál Kadaň 5:2 a Prostějov 5:0. V Liberci Vajgar podlehl 3:5. Pravděpodobně nejdůležitější utkání v boji o udržení sehrál Vajgar doma 19. března 2000. Do J. Hradce zavítala brněnská Kometa, se kterou se právě Vajgar přetahoval o nebarážovou 4. příčku. Utkání skončilo remízou 2:2 a i když v posledních dvou kolech bodoval (doma s Šumperkem 3:2 a v Kadani 4:2), tak Vajgar skončil předposlední, právě o bod za Kometou Brno.
Baráž začínala od nuly, ke dvěma účastníkům z první ligy (Vajgar + Šumperk) se připojily dva druholigové týmy – Ústí nad Labem a Ytong Brno. Vajgar začínal doma s Ústím nad Labem a prohrál v poměru 1:3. I druhý zápas hrál Vajgar doma a po fotbalové remíze 0:0 se šumperskými Draky získal první barážový bod. Poté přišly 3 porážky z kluzišť soupeřů (na Ytongu 1:2, v Ústí 1:3 a v Šumperku 0:3). Jindřichův Hradec nevyhrál ani poslední utkání, doma remizoval s Ytongem 4:4. Do tabulky Vajgar vybojoval pouhé dva body a skončil beznadějně poslední. Šumperk první ligu zachránil a z druhé ligy postoupilo i Ústí nad Labem. Vajgar padá do hlubin druhé ligy.
Extraligoví junioři obsadili v tabulce 5. místo, avšak hned v prvním kole byli vyřazeni Slavií Praha 0:2 na zápasy. Nejproduktivnějšími hráči byli Tomáš Rolínek, David Kupec či Zdeněk Ondřej.
Pořadí Klub V R P Skóre Body 1. KLH Chomutov 25 4 11 141: 81 54 2. SK HS Třebíč 24 4 12 146: 99 52 3. HC Dukla Jihlava 18 12 10 108: 90 48 4. IHC Písek 18 10 12 127:108 46 5. HC Senators Rosice 17 11 12 107:109 45 6. HC Berounští Medvědi 15 11 14 136:113 41 7. HC 99 TL Mělník 18 5 17 116:120 41 8. HC Slezan Opava 15 10 15 106:102 40 9. SK Kadaň 17 6 17 113:110 40 10. HC Prostějov 14 9 17 125:157 37 11. HC Stadion Liberec 14 8 18 103:120 36 12. Kometa Brno 15 3 22 112:141 33 13. SHC Vajgar J. Hradec 14 1 25 102:135 29 14. HC PD Šumperk 8 2 30 98:155 18
Pořadí Klub V R P Skóre Body 1. HC Stadion Liberec 21 10 19 137:139 52 2. SK Kadaň 21 7 22 146:142 49 3. HC Prostějov 18 9 23 158:196 45 4. Kometa Brno 18 6 26 142:180 42 5. SHC Vajgar J. Hradec 20 1 29 135:165 41 6. HC PD Šumperk 9 4 37 119:183 22
Pořadí Klub V R P Skóre Body 1. HC Ústí nad Labem 5 0 1 28:12 10 2. HC PD Šumperk 3 1 2 14:17 7 3. HC Ytong Brno 2 1 3 15:20 5 4. SHC Vajgar J. Hradec 0 2 4 7:15 2
